W okresie międzywojennym władze odmawiały adwentystom prawnego uznania i byli ugrupowaniem jedynie tolerowanym przez władze. Decyzję zaliczającą adwentystów do tzw. wyznań tolerowanych wydało 16 lutego 1922 roku Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Z tego względu w okresie międzywojennym działalność Kościoła oparta była na przepisach państw zaborczych. Na terenie byłego zaboru rosyjskiego Kościół funkcjonował jako tolerowany związek religijny na podstawie ukazu carskiego z dnia 17 października 1906 roku. Na terenie byłego zaboru austriackiego działał na podstawie przepisów prawa o stowarzyszeniach, a na terenie byłego zaboru pruskiego na podstawie przepisów tolerancyjno-wyznaniowych.
II wojna światowa Podczas II wojny światowej wiele kaplic zostało zamkniętych. W obozie koncentracyjnym w Oświęcimiu zginął pastor Florian Kosmowski, w Katyniu poniosło śmierć trzech oficerów wyznania adwentystycznego (rodzeni bracia Ostapowiczowie: Artur, Mieczysław i Witold). Za przechowywanie osób narodowości żydowskiej na karę śmierci została skazana Helena Gargasz, a Janina Boetzel za działalność konspiracyjną. Kilku adwentystów walczyło w powstaniu warszawskim, spośród nich zginął Zbigniew Chmielewski.