W dniach 6–9 października 1921 roku na zjeździe w Bydgoszczy powołano ogólnokrajową strukturę, trzy diecezje – Południowa, Zachodnia i Wschodnia – powołały ogólnopolskie władze Kościoła. Siedziba władz Kościoła mieściła się w Bydgoszczy. Przyjęto wówczas nazwę Związek Adwentystów Dnia Siódmego, którą później zmieniono na Unia Zborów Adwentystów Dnia Siódmego. W 1921 roku zainicjowano działalność wydawniczą, a w 1926 roku zorganizowano seminarium duchowne. W 1931 roku siedzibę Kościoła przeniesiono do Warszawy. W 1935 roku zorganizowano ogólnopolski zjazd młodzieży adwentystycznej. Przed wojną Kościół liczył około 4 tys. wyznawców. Ważną rolę odegrali w tym okresie Teodor Will oraz Wilhelm Czembor, zwierzchnik Kościoła od roku 1936.
W latach 1931–1933 Kościół przeszedł wewnętrzny kryzys. Wewnątrz Kościoła pojawił się ruch któremu przewodził Alfred Kube – początkowo sprzeciwiający się ograniczaniu autonomii zborów, a później odrzucający także niektóre zasady adwentystów oraz rolę Ellen G. White. Wcześniej bracia Paweł i Alfred Kube byli członkami władz centralnych Unii Zborów Adwentystów Dnia Siódmego. Po kilku latach burzliwej działalności ruch ten przekształcił się w Kościół Chrześcijan Dnia Sobotniego.