Chwilę później do budynku wkroczyła grupa esesmanów, którym towarzyszyli żołnierze jednego z kolaboracyjnych batalionów azerbejdżańskich. Oficer SS polecił wprowadzić do gabinetu dyrektorskiego dr. Piaseckiego, prof. Zeylanda oraz szpitalnego kapelana, ks. Kazimierza Ciecierskiego. Wszystkim trzem kazano stanąć za biurkiem, po czym oficer zamordował ich strzałami w głowę. Żołnierze zastrzelili także kilku rannych leżących w szpitalnej piwnicy. Następnie zaczęli brutalnie wypędzać z budynku pacjentów oraz członków personelu, czemu niejednokrotnie towarzyszyło bicie oraz grabież cenniejszych przedmiotów osobistych. Miały miejsce wypadki, gdy ze szpitalnych sal wyprowadzano ciężko rannych oraz rekonwalescentów bezpośrednio po operacji (ponad 20 pacjentów musiano wynieść na noszach). Przed szpitalnym budynkiem tłum Polaków uformowano w kolumnę, a następnie pognano w kierunku zachodnim. Szlak przemarszu wiódł ulicami Płocką i Górczewską, między płonącymi budynkami, wśród stosów trupów. Nieopodal wiaduktu kolejowego przebiegającego nad ul. Górczewską żołnierze zaczęli czynić przygotowania do rozstrzelania całej kolumny, lecz prawdopodobnie ze względu na fakt, iż owe działania wywołały w tłumie duże poruszenie, egzekucja została chwilowo odwołana.