W drugiej połowie XVII wieku hiszpański misjonarz Alonso de León informował, że w San Mateo Ixtatán żyje około osiemdziesięciu rodzin, które nie płacą daniny hiszpańskiej koronie, ani nie uczęszczają na msze w obrzędzie rzymskokatolickim. Opisał je jako „zadziorne” i narzekał, że tylko pozornie byli chrześcijanami: na wzgórzach w pobliżu przedkolumbijskich ruin wznieśli pogańską świątynię, gdzie palili kadziła i składali w ofierze indyki. Ostatecznie de León został wypędzony z San Mateo Ixtatán przez Chujów.
W 1684 roku gubernator Gwatemali Enrique Enriquez de Guzmán podjął decyzję o ostatecznym podboju regionu. W 1686 roku osobiście przybył do San Mateo Ixtatán, uprzednio wysyłając do miasta oddziały pod dowództwem kapitana Melchora Rodrígueza Mazariegosa, i przejął nad nim kontrolę. Po zwerbowaniu chujańskich wojowników z pobliskich osad, w tym 61 z San Mateo Ixtatán, rozpoczął inwazję niepodbitego dotąd regionu Lacandon, dzięki czemu ostatecznie podbił cały obszar.