Hiszpańska konkwista thumb|Ruiny Ystapalapán Hiszpanie zaczęli podbijać górskie tereny Gwatemali w 1524 roku, kiedy do rejonu dotarła armia konkwistadora Pedra de Alvarado. W 1529 roku San Mateo Ixtatán (wtedy znane jako Ystapalapán) wraz z Santa Eulalią i Jacaltenango stało się encomiendą Gonzala de Ovalle’a, towarzysza de Alvarado. W latach 30. XVI wieku Chujowie stali się poddanymi hiszpańskich konkwistadorów. W 1549 roku w San Mateo Ixtatán założona została pierwsza redukcja misyjna nadzorowana przez dominikanów. Chujowie zamieszkujący San Mateo Ixtatán opierali się hiszpańskiej kontroli dłużej, niż ich sąsiedzi z innych terenów górskich – Hiszpanom udało się pacyfikować ludność tylko do czasu, gdy na miejscu znajdowały się ekspedycje. W dłuższej perspektywie skutkiem był jednak znaczący spadek ludności chujańskiej w XVI wieku.