Epoka pokolonialna Gwatemala uzyskała niepodległość od Hiszpanii w 1821 roku. W drugiej połowie XIX wieku gwatemalski rząd przekazał należące do Chujów ziemie prominentnym właścicielom ziemskim zajmującym się uprawami. Proces ten rozpoczął się w 1876 roku, kiedy Chujowie zmuszeni zostali do opuszczenia ziem, na których następnie powstało miasto Nentón. W trakcie następujących potem walk Chujom udało się utrzymać swoje ziemie w terenach górskich, co przyczyniło się do tego, że dziś postrzegani są jako lud buntowników. Wskutek utraty większości swoich ziem, co przyczyniło się do niewyobrażalnego ubóstwa, Chujowie zostali zmuszeni do migracji na południowe wybrzeże Gwatemali. Stali się wieśniakami albo wędrownymi robotnikami fizycznymi.
W następnych latach często brali udział w powstaniach wywołanych ubóstwem i żalem po utratach ziem. Polityczny niepokój i krwawe rozprawianie się z Chujami nasiliło się po II wojnie światowej. W latach 70. XX wieku powszechne były krwawe konfrontacje z policją. W późnych latach 70. i wczesnych latach 80. Chujowie walczyli z gwatemalskimi funkcjonariuszami prawa, aby zachować swoje lasy. Także w latach 80., kiedy Gwatemalą rządziła junta wojskowa, Chujowie zaangażowali się w wojnę partyzancką przeciwko wojsku, które postrzegało ich jako „wewnętrznego wroga”.