monitorowania realizacji postanowień porozumienia, a także rozlokowanie w Burundi specjalnego kontyngentu wojskowego, złożonego głównie z żołnierzy z RPA (1500 żołnierzy), którego celem będzie ochrona powracających z wygnania polityków oraz wsparcie reformy burundyjskich sił zbrojnych.

Znaczenie porozumienia z Aruszy znacząco obniżał jednak fakt, iż jego sygnatariuszami nie były dwa największe ugrupowania rebelianckie Hutu – tj. Narodowa Rada na rzecz Obrony Demokracji-Siły Obrony Demokracji (CNDD-FDD) pod przywództwem Pierre’a Nkurunzizy oraz PALIPEHUTU-FNL, kierowane przez Agathona Rwasę. Nie zostały one dopuszczone do negocjacji ze względu na nacisk ugrupowań Tutsi, a także z powodu bezkompromisowej postawy swoich przywódców – odrzucających ideę jakiegokolwiek podziału władzy z Tutsi oraz domagających się przywrócenia demokratycznej konstytucji z 1992 roku. W rezultacie w latach 2000–2003 w Burundi nadal toczyły się zaciekłe walki, które spowodowały śmierć tysięcy ludzi, a dziesiątki tysięcy innych uczyniły uchodźcami.