Przebieg negocjacji Po pewnym czasie, m.in. pod wpływem międzynarodowych nacisków, przywódcy CNDD-FDD doszli do wniosku, iż włączenie się w proces pokojowy przyniesie ich ugrupowaniu więcej korzyści niż kontynuacja walki zbrojnej. W sierpniu 2002 roku rozpoczęły się w Tanzanii rozmowy pokojowe pomiędzy rządem a rebeliantami, prowadzone przy mediacji RPA. 2 grudnia 2002 zawarto w Aruszy porozumienie w sprawie zawieszenia broni. Przewidywało ono m.in. utworzenie komisji wspólnej ds. przestrzegania rozejmu oraz rozlokowanie w Burundi misji obserwacyjnej Unii Afrykańskiej. W dalszej kolejności przystąpiono do negocjowania warunków przystąpienia CNDD-FDD do tymczasowego rządu koalicyjnego.
Negocjacje były bardzo długie i trudne. CNDD-FDD żądała początkowo włączenia 75% swoich bojowników w szeregi regularnej armii oraz 50% miejsc w rządzie tymczasowym. W drugiej połowie czerwca 2003 rebelianci wznowili walkę zbrojną, dokonując serii ataków i porwań w prowincji Kayanza. Wybuch walk zmusił blisko 43 tys. cywilów do ucieczki ze swych domów. Prawdopodobnie owe ataki miały posłużyć wzmocnieniu pozycji negocjacyjnej CNDD-FDD.