W 1929 roku po raz pierwszy wstąpił do grupy zajmującej się polityką, była nią studencka organizacja Federacja Studentów Uniwersytetu Chile. Już w 1930 roku został jej wiceprezesem, jednakże z powodu sprzeciwu wobec niektórych postulatów grupy został z niej wydalony, miesiąc przed upadkiem wojskowego rządu Carlosa Ibáñeza del Campo. Nadal był jednak jednym z liderów ruchu studenckich, za co został aresztowany. Choć w tym czasie przebywał w areszcie, dowiedział się o śmierci ojca z powodu zaawansowanej cukrzycy. Pozwolono mu wziąć udział w pogrzebie ojca. Allende znalazł w pracę w Szpitalu Carlosa Van Burena, gdzie pracował jako asystent patologa.
Kariera polityczna Do 1933 roku pracował jako lekarz. We wspomnianym roku współtworzył Chilijską Partię Socjalistyczną w Valparaíso. Allende pozostał członkiem partii do końca życia. Od 1935 roku Allende został redaktorem Biuletynu Medycznego Chile i założycielem Revista de Medicina Social, pisma poświęconego medycynie społecznejRamón, Armando de. Biografías de Chilenos Tomo I. Ediciones Universidad Católica de Chile, 1999, s. 60–61.. Uczestniczył w tworzeniu chilijskiego Frontu Ludowego, wkrótce został też prezesem Frontu w Valparaíso. W Partii Socjalistycznej był kolejno sekretarzem (1934) i sekretarzem Komitetu Valparaíso (1937–1939).