W 1933 opublikował pracę doktorską w której skrytykował rasistowskie poglądy Cesare Lombroso, w pracy tej wykorzystał jego cytaty przez co kilkadziesiąt lat później jego przeciwnicy posługując się fałszywymi, wyciągniętymi z kontekstu zdaniami oskarżyli go o popieranie rasizmu„Unmasked defamatory libel on Salvador Allende”.. Podczas kampanii prezydenckiej Allende prowadził kampanię liberalnego kandydata Pedro Aguirre Cerdy w Valparaíso. Od sierpnia 1939 uczestniczył w nowo powstałym rządzie zdominowanym przez radykałów (liberałów) jako minister zdrowia. W 1940 roku poślubił Hortensię Bussi, z którą miał trzy córki. Swoją żonę poznał w nocy 24 stycznia 1939 roku, kiedy Chile nawiedziło trzęsienie ziemiLabarca, Eduardo. Salvador Allende, biografía sentimental, Santiago, Catalonia, 2007, s. 47–50 y 61-63.. Wśród jego osiągnięć jako ministra znalazła się m.in. produkcja i dystrybucja leków na choroby weneryczne, obniżenie zgonów z powodu tyfusu, zwiększenie budżetu zdrowia do dwóch milionów dolarów, dostarczanie darmowych obiadów w szkołach i tworzenie w szkołach gabinetów stomatologicznych. Kilka miesięcy później Allende objął stanowisko wiceprezesa Funduszu Ubezpieczeń Pracy.