W XIX wieku praktykował zen w tym klasztorze pod kierunkiem mistrza Daisetsu Shōena (zm. 1855) Ekkei Shuken (1809–1883). Uczniem Shōena byli także Kōsen Sōon, bardziej znany jako Imakita Kōsen (1816–1892) oraz Ogino Dokuon (1819–1895), który wsławił się odważną opozycją przeciwko antybuddyjskim prawom ustanawianym przez rząd. W 1879 roku został opatem Shōkoku-jiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 405-410.
Obecnie Shōkoku-ji jest główną świątynią jednej z czternastu linii przekazu w ramach szkoły rinzai. Na terenie przez nią zajmowanym jest 13 świątyń, a ponadto przewodzi ona grupie 130 świątyń w całej Japonii, w tym Kinkaku-ji i Ginkaku-ji.
Obiekty architektoniczne i inne klasztoru Teren, który zajmuje klasztor jest bardzo rozległy i znajduje się na nim wiele budynków. Lotosowy staw znajduje się na południowym końcu głównej drogi prowadzącej przez kompleks z północy na południe. Takie świątynie, jak: Rinkō-in (林光院), Gyokuryū-in (玉龍院), Daikōmyō-ji (大光明寺), Fukō-in (普広院), Jiun-in (慈雲院), Jishō-in (慈照院), Hōkō-ji (豊光寺), Chōtoku-in (長得院), Yōgen-in (養源院), Kōgen-in (光源院), Zuishun-in (瑞春院) i Daitsū-in (大通院), znajdują się po jednej ze stron stawu, głębiej w kompleksie, który zawiera także chramy shintō poświęcone: Inari, Benten i Hachimanowi.