Struktura Kościoła Kościół perski miał w V wieku dwie metropolie – w Kirkuku i Seleucji-Ktezyfonie. Arcybiskup tej drugiej nosił jednocześnie tytuł katolikosa, zwierzchnika całego kościoła. Wybór katolikosa był niekiedy powodem konfliktów. Zdarzało się, że podczas synodu biskupi nie byli w stanie uzgodnić wspólnej kandydatury i następował podwójny wybór; były też przypadki odmowy uznania wyboru przez szacha i wieloletniego wakatu. Zanotowano przypadek, że władca zaproponował kandydata, którego synod nie chciał zatwierdzić, co też doprowadziło do wakatu na funkcji katolikosa.
W synodach, po których pozostały akta, bierze udział zazwyczaj kilkudziesięciu biskupów, więc zapewne taka była ich liczba w całym państwie. Jak wydaje się na podstawie źródeł, prawo nominacji biskupów przysługiwało katolikosom, którzy konsultowali kandydatów z władcą; jednak często miasta wybierały własnego biskupa, odrzucając nominata, co powodowało konflikty.