Nie oznacza to jednak, że całkowicie zanikły prześladowania chrześcijan w sasanidzkim Iranie. Były one jednak od tej pory sporadyczne. Wiele z tych, o których wspominają źródła syryjskie, były to, jak się wydaje, konflikty szachów z przeciwnikami politycznymi, które niekiedy przybierały formę egzekucji wśród chrześcijańskiej części arystokracji czy też konfiskat majątków chrześcijańskich kupców z niektórych miast. Typowym przykładem był bunt syna szacha Chosreosa I, Aby. Aba oraz jego matka byli chrześcijanami, większość ze straconych buntowników również.
W V i VI wieku zdarzały się ataki wyznawców zoroastryzmu na chrześcijan, były to jednak lokalne konflikty a nie zorganizowane przez państwo prześladowania. Wyjątkiem było męczeństwo Abdy i Narsaja, jeszcze za rządów Jezdegrada; jednak Teoderet z Cyru przyznaje w Historii Kościoła, że wyroki śmierci były spowodowane zniszczeniem przez męczenników ołtarza i ugaszeniem świętego ognia „magów”. Szach Hormizd IV miał w końcu VI wieku odpowiedzieć przedstawicielom zoroastryzmu, którzy żądali od niego podjęcia działań przeciwko chrześcijanom, że państwo musi opierać się na wielu nogach, tak jak mój tron.