W zbiorowym akcie oskarżenia z 7 czerwca 1951 Pawłowi Komborskiemu zarzucono przynależność do „WiN” od 1945 do stycznia 1949, gromadzenie w tym okresie informacji stanowiących tajemnicę państwową i wojskową i przekazywanie dalej, kolportaż ulotek i gazetek organizacji. 1 sierpnia 1951 przedłużono areszt tymczasowy. Od wiosny 1952 był przetrzymywany na zamku w Rzeszowie, gdzie od 27 maja 1952 rozpoczął się proces przed tamtejszym Wojskowym Sądem Rejonowym, który 27 czerwca 1952 za ww. zarzuty skazał ks. Komborskiego na karę 10 lat pozbawienia wolności, utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na 2 lata oraz przepadek całego mienia na rzecz Skarbu Państwa; na mocy ustawi o amnestii z 1947 kara została zmniejszona o połowę, tj. do 5 lat; dodatkowo został skazany na karę 5 lat pozbawienia wolności za przekazywanie informacji stanowiących tajemnicę państwową; ostatecznie wymiar wymierzonej kary wyniósł 8 lat pozbawienia wolności oraz ww. sankcje dodatkowe (utrata praw na 2 lata i przepadek mienia). Karę odbywał w zakładzie karnym w Koronowie. W więzieniu przesiedział ostatecznie 4 lata i 6 miesięcy. 23 maja 1955 został warunkowo zwolniony z odbywania kary.