Natomiast na mapie sporządzonej przez Pierre’a Desceliersa w 1553 roku, wyspy miały pojawić się pod nazwą Abrolho.
Wyspy pod nazwą Houtman Abrolhos zostały po raz pierwszy naniesione na drukowane mapy przez Hessela Gerritsza w 1628 roku, a mapy samych wysp zostały sporządzane przez Johna Lorta Stokes’a z HMS Beagle.
Historia Pomimo trudnych warunków nawigacyjnych, wiele statków europejskich przybywało na wyspy – część została zniesiona z kursu, a część przybyła celowo, np. w celu zebrania guano. Ponad 60 jednostek zatonęło u wybrzeży Houtman Abrolhos.
W 1629 roku rozbił się tu należący do Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej galeon Batavia, który zszedł z kursu w wyniku spisku. Część załogi, która przeżyła katastrofę zbuntowała się, co doprowadziło do masakry, w której zginęło 125 osób. Wrak Batavii został odnaleziony w 1963 roku, a w latach 1973–1974 przeprowadzono prace archeologiczne, dzięki którym wydobyto ponad 3000 obiektów. Fragmenty Batavii zostały zrekonstruowane i wystawione w Western Australian Maritime Museum, obiekty wydobyte z wraku znajdują się na wystawach w Western Australian Museum w Geraldton.