W 2006 roku wrak Batavii oraz miejsce obozowania rozbitków zostały wciągnięte na listę narodowego dziedzictwa Australii.
W 1727 roku na skałach Half Moon Reef w Pelsaert Group rozbił się Zeewijk – kolejny statek Holenderskiej Kampanii Wschodnioindyjskiej w drodze do Batawii. Wielu członków załogi uratowało się i dopłynęło na pobliską Gun Island, gdzie rozbitkowie zbudowali z materiałów odzyskanych z wraku 20-metrowy statek Sloepie, na którym dopłynęli do Batawii po ponad miesięcznym rejsie. Sloepie był pierwszym statkiem oceanicznym zbudowanym na terenie Australii. W 1840 roku HMS Beagle odnalazł wrak Zeewijka, a kanał gdzie znaleziono pozostałości statku nazwano Zeewijk Channel.
Raport kapitana Johna Wickhama z wyprawy HMS Beagle wspominał o znalezieniu na wyspach Houtman Abrolhos guana używanego w Europie i Stanach Zjednoczonych do produkcji nawozów. W 1879 na wyspy przybył John Forrest, by oszacować zasoby guana. Pierwszy transport guana opuścił wyspy w 1844 roku, a w 1847 roku Pelsart Fishing Company rozpoczęła jego komercyjne wydobycie.