Narodziny Trzeciej Republiki thumb|Pierre Buyoya (zdjęcie z 2013) W połowie lat 80. rządy Bagazy były już skrajnie niepopularne we wszystkich warstwach społeczeństwa. W głęboko konserwatywnym kraju antykościelna polityka reżimu budziła sprzeciw nie tylko mas Hutu, lecz również wielu Tutsi. Część rządzącej elity była głęboko zaniepokojona faktem, iż represje wobec Kościoła pogorszyły międzynarodowy wizerunek Burundi oraz skonfliktowały państwo z najważniejszymi dawcami pomocy rozwojowej. Niezadowolenie w szeregach armii i państwowej biurokracji budziła również szeroko rozpowszechniona korupcja i nepotyzm. Katalizatorem wybuchu niezadowolenia stała się zwłaszcza decyzja Bagazy o przeniesieniu dużej grupy oficerów na wcześniejszą emeryturę, co wobec trudnej sytuacji gospodarczej kraju oznaczało dla wielu wojskowych faktyczną deklasację. Upadek Bagazy nastąpił 3 września 1987, gdy grupa oficerów i podoficerów dokonała bezkrwawego zamachu stanu. Dyktator, przebywający wówczas na szczycie frankofońskim w Quebecu, został pozbawiony wszystkich stanowisk rządowych i partyjnych. Decyzją Wojskowego Komitetu Ocalenia Narodowego prezydentem został obwołany major Pierre Buyoya.