1 listopada 1976 prezydent Micombero został obalony przez wojskowy zamach stanu. Władzę w państwie przejęła Najwyższa Rada Wojskowa, na której czele stał podpułkownik Jean-Baptiste Bagaza. Czasy jego rządów znane są w historii Burundi jako okres tzw. Drugiej Republiki. Początkowo Bagaza podejmował szereg działań świadczących pozornie o dążeniu do załagodzenia rozdzierających kraj antagonizmów etnicznych. W rzeczywistości jego polityka zmierzała jednak do ugruntowania całkowitej dominacji Tutsi w życiu politycznym i społecznym. Funkcjonujący w okresie Drugiej Republiki system urzędowej dyskryminacji Hutu (zwłaszcza w dziedzinie edukacji) bywał porównywany z południowoafrykańskim apartheidem. Reżim Bagazy prowadził również politykę ograniczania praw Kościoła rzymskokatolickiego, podejrzewanego o wspieranie aspiracji Hutu.