Thomas odmówił i Lincoln – nie mając innego wyjścia – pozostawił Buella na stanowisku. Turchin został postawiony przed sądem wojskowym, ale – wbrew oczekiwaniom Buella – nie został ukarany, a wręcz przeciwnie, awansowany na stopień generała-brygadiera.
Grant, mimo niesnasek do jakich doszło po Shiloh, bronił Buella pisząc:
Kentucky Jesienią 1862 roku konfederacki generał Braxton Bragg uderzył na Kentucky i Buell został zmuszony ścigać go, by obronić Louisville i linię rzeki Ohio. Jeden z korpusów armii Buella został zaatakowany 8 października przez Bragga pod Perryville, a Buell, znajdujący się kilka kilometrów dalej, aż do późnego popołudnia nie miał pojęcia, że bitwa się toczy, a nawet wtedy nie zdecydował się rzucić do boju całej swej armii i pokonać słabszego przeciwnika, co Halleck skomentował następująco: „jak zawsze poruszasz się zbyt wolno; twój brak zdecydowania wprost zaskakuje; Bragg w dwa miesiące pokonał odległość czterokrotnie większą niż ty...”.