Tymczasem obaj dowódcy działali zupełnie niezależnie, a „powolne i pełne wahań działania Buella dowodzą, że nie sprawdził się jako wódz”.
Po zwycięskiej bitwie pod Shiloh, Buell, pod rozkazami Hallecka, brał udział w oblężeniu Corinthu. Na przełomie czerwca i lipca cztery dywizje jego armii rozpoczęły powolny marsz w stronę Chattanoogi, ale konfederacka kawaleria gen.-mjra Nathana Forresta zagroziła ich liniom zaopatrzenia i ofensywę trzeba było wstrzymać.
W tym okresie Buell popadł w tarapaty natury politycznej. Niektórzy oficjele unijni podejrzewali go – jako jednego z niewielu oficerów będących w przeszłości właścicielami niewolników (chociaż odziedziczył niewolników po rodzinie żony) – o sprzyjanie konfederatom. Podejrzenia te potwierdzać miało zdecydowane stanowisko Buella, który podczas operacji w Tennessee i Alabamie forsował politykę niewtrącania się wojska w sprawy cywilnych mieszkańców Południa. 2 maja 1862 roku doszło do spięcia, gdy żołnierze Unii przystąpili do plądrowania miasteczka Athens. Buell, znany z utrzymywania żelaznej dyscypliny, wpadł w złość i postawił w stan oskarżenia Johna Turchina, jednego z podwładnych odpowiedzialnych za zajścia. Prezydent Abraham Lincoln uległ naciskom polityków z Tennessee i 30 września rozkazał gen.-mjr. George’owi Thomasowi zastąpić Buella jako dowódca armii.