Ulysses Grant zdobył 6 lutego Fort Henry, a 16 lutego Fort Donelson konfederaci opuścili Nashville i odeszli na południe). 21 marca Buell otrzymał awans na generała-majora ochotników, ale utracił niezależność, bowiem został podporządkowany Departamentowi Mississippi, dowodzonemu przez gen.-mjra Henry’ego W. Hallecka.
Shiloh Wiosną 1862 roku Halleck naciskał na Buella, by – celem wsparcia Armii Tennessee Granta – poprowadził swą armię ku miejscu zwanemu Pittsburg Landing, co wiązało się z planowanym atakiem na silny punkt oporu konfederatów w miejscowości Corinth. Ale armii Buella – mimo że stacjonowała w mieście Columbia (około 150 km na wschód od Pittsburg Landing) – miesiąc zajęło przybycie na miejsce, a Grant właśnie szykował się do kontruderzenia na konfederacką Armię Mississippi. Buell usprawiedliwiał się, że marsz armii utrudniały rozlane rzeki i deszcze, ale że ostatecznie przybył na czas, by „ocalić” Granta. Uważał się za prawdziwego zwycięzcę, a udział Granta w bitwie, do jakiej doszło 7 kwietnia pod Shiloh, umniejszał. Współcześni historycy, jak Larry Daniels i Kenneth Noe, są zdania, że Grant doskonale poradził sobie pierwszego dnia bitwy, a spór między nim a Buellem dotyczył wyłącznie drugiego dnia.