., ale długa choroba i śmierć przerwały te przygotowania już w fazie wstępnej – o czym informuje jego syn w przedmowie do Flora quasimodogenita Georga Helwinga. Pracował również nad rozbudowaną, wzbogaconą o liczne ilustracje, publikacją poświęconą grzybom Pomorza. Johann Philipp Breyne pisał też o innych studiach botanicznych swojego ojca, ale, ponieważ nie zachowały się żadne rękopisy i zielniki, nic bliżej o nich nie wiadomo (Licencja Creative Commons: Uznanie autorstwa 3.0 Polska).. Jedynie część zbiorów zielnikowych, obejmująca trawy z okolic Gdańska, po wysłaniu do Johanna Scheuchzera została wykorzystana i opisana w pracy pt. Agrestographia w 1719. Nie wiadomo nic o lokalizacji i rozmiarach ogrodu Breynego, w którym eksperymentował, sadząc rośliny zarówno z okolic Gdańska, jak i egzotyczne.
Podczas obserwacji botanicznych dokumentował zmienność roślin (np. skalnicy torfowiskowej znalezionej na Mierzei Wiślanej), zakładając, że przyczyna jej zwykle jest wewnętrzna i tkwi już w nasieniu, tym samym polemizując z poglądami Roberta Morisona, angielskiego botanika, zakładającego, że przyczyną zmian są zawsze czynniki zewnętrzne. Prowadził też eksperymenty nad odżywianiem się roślin (1678), sadząc nasiona w różnych warunkach glebowych.