Przeprowadzał również doświadczenia z wysiewaniem nasion w różnym wieku.
Na pracach Jakuba Breynego opierał się wielokrotnie Karol Linneusz. W efekcie niektóre gatunki, jak np. jaskier kaszubski (Ranunculus cassubicus), otrzymały od niego nazwę odnoszącą się do nazwy obszaru, na którym Breyne na te taksony natrafił.
W nomenklaturze botanicznej Jakob Breyne wymieniany jest jako autor nazwy w pełnym brzmieniu nazwiska: Breyne. Jednak ze względu na to, iż za początek nomenklatury botanicznej przyjmuje się prace Linneusza, żadna z nazw wprowadzonych przez Breynego nie ma statusu nazwy poprawnej.
Publikacje thumb|Prodromi fasciculi rariorum plantarum primus et secundus, 1739
1677: Exoticarum aliarumque minus cognitarum plantarum centuria prima. Gedani. Typis, sumptibus & in ædibus Autoris, ss. +195++XXV+. 1680: Prodromus fasciculi rariorum plantarum, Anno M.DC.LXXIX. in hortis Celeberrimis Hollandiae, praefertim Incomparabili & Nobilissimo illo Florae Pandocheo Illustrissimi atqve Excellentissimi Domini, Domini Hieronymi van Beverningk etc. observatarum a Jacobo Breynio, Gedanensi. Cui accedunt Interrogationes de nonnullis Plantarum ab Auctore in Centuria prima descriptarum partibus, quibus, tempore editionis Centuriae primae, Idem ille ut plurimum destitutus fuit.