Chociaż Breyne zajmował się głównie roślinami egzotycznymi, to w jego dziele Exoticarum aliarumque... (1677) wymienione i zilustrowane zostały również gatunki występujące w Prusach Królewskich. Niektóre podawane przez Breynego gatunki były nowe dla gdańskiej flory, inne przytaczał za dziełem Johannesa Loesela. Zachowane egzemplarze zasuszonych roślin zebranych przez niego lub przez jego „informatorów” w okolicach Gdańska i Torunia oraz na Kaszubach zachowały się do dzisiaj w dwóch seriach zielników (horti sicci) przechowywanych w Lejdzie, a także w zbiorach brytyjskich. W Prodromus… z 1680 roku Breyne opisał ogrody botaniczne Holandii, ale znalazły się tu także wzmianki o wybranych gatunkach flory Prus. Druga część tego dzieła ukazała się w roku 1689, a kolejne wydanie – w 1739 roku, już po śmierci autora, na nowo opracowane i uzupełnione przez jego syna – Johanna Philippa Breynego. Jakob Breyne zamierzał opublikować również Viridarium Prussiae occidentalis CassubiaequeKatarzyna Pękacka-Falkowska, Flora rodzima w badaniach Jacoba Breyne’a, w: Kolekcje przyrodnicze i gospodarcze innowacje – tradycja i nowoczesność. Pamięci księżnej Anny z Sapiehów Jabłonowskiej (1728-1800), red. I. Arabas, R. Księżopolski, Wyd. IHN PAN / Wyd. MuzeumRolnictwa im. ks. Krzysztofa Kluka w Ciechanowcu, Warszawa-Ciechanowiec 2021, s. 129–145.