W marcu 1600 roku spotkał się z innym jezuitą, Matteo Riccim. Od tego momentu podróżowali razem i w maju tego samego roku udali się do Pekinu, do którego dotarli pod koniec stycznia 1601 roku. De Pantoja napisał wówczas list do Luisa de Guzmána w którym zawarł opis swojej podróży po Chinach. Była to bardzo obszerna relacja, która liczyła sobie 256 stron. Praca ta jest obecnie uważana za ważne źródło historyczne. Służy do badań dziejów misji jezuickiej w Chinach i jest jednym z pierwszych europejskich opracowań etnograficznych dotyczących Chin. Pantoja zawarł tam bowiem znaczną liczbę opisów na temat miejscowej kultury, obyczajów, mody, jedzenia, rolnictwa, handlu, polityki i wielu innych dziedzin. Opisywał również postępy procesu ewangelizacji w różnych częściach kraju. De Pantoja i jego towarzysze nie mogli od razu zobaczyć się z cesarzem. Z powodu nieufności miejscowych elit, dość długo czekali na audiencję. W końcu, za pomocą podarków, udało im się jednak przekonać władcę do spotkania. Według relacji de Pantoji, cesarz był zafascynowany zegarami jakie podarowali mu jezuici i pragnął poznać zasadę ich działania. Był to bezpośredni powód dla którego Wanli zaprosił ich do pałacu. Oprócz prezentacji zegarów, jezuici przedstawili dworowi cesarskiemu informacje o krajach z których pochodzą.