Tam spotkał Gila de la Matę, przełożonego jezuickiej misji w Japonii.
Zainspirowany opowieściami de la Maty i zachęcany przez swojego mistrza, Luis de Guzmana, zapragnął zostać misjonarzem. Zwrócił się z prośbą do władz zakonu o wydanie pozwolenia na wzięcie udziału w misji. Przełożeni zgodzili się, ale długi czas opór planom de Pantoji stawiała rodzina. Mimo to postanowił on udać się na Daleki Wschód i w tym celu wyjechał do Lizbony. Źródła nie podają zbyt wielu informacji na temat jego pobytu w Portugalii i podróży. Wiadomo że 10 kwietnia 1596 roku wypłynął do regionu Goa w Indiach, gdzie dotarł 25 października. Pół roku później, 23 kwietnia 1597 roku, wyruszył do Makau. Towarzyszyli mu Alessandro Valignano, Nicolò Longobardo i Manuel Dias. Na miejsce dotarł 20 lipca. Po przybyciu do portugalskiej kolonii pobierał jeszcze przez jakiś czas nauki i sposobił się do wyruszenia w drogę do Japonii. W międzyczasie jednak stosunki między władzami tego kraju a miejscowymi chrześcijanami znacznie się pogorszyły i ostatecznie podróż nie doszła do skutku. De Pantoja zdecydował się wówczas na pozostanie i pracę misyjną w Chinach. W 1599 roku udał się w podróż do Nankinu. Przez jakiś czas podróżował po Chinach, poznając miejscową kulturę i obyczaje.