Cesarz pozwolił im na pobyt i działalność na terenie swojej stolicy.
Wykształcenie i wiedza de Pantoji i jego towarzyszy zdobyły im przychylność znacznej części grupy zwanej literati, czyli uczonych urzędników państwowych. Kilku z nich po pewnym czasie przyjęło nawet chrzest, jak na przykład Xu Guangqi. Ricci cieszył się sławą znakomitego astronoma i matematyka a Pantoja kartografa i znawcy muzyki. Pierwszym, większym wyzwaniem jakiego się podjęli było ustalenie współrzędnych geograficznych miast chińskich leżących między Kantonem a Pekinem. Obydwaj jezuici szybko opanowali miejscowy język. Po śmierci Ricciego, do Pantoji dołączył Sabatino de Ursis. Diego i jego nowy towarzysz otrzymali od cesarza zadanie zreformowania kalendarza. Nie dokończyli jednak prac. Stosunki między europejskimi misjonarzami a elitami politycznymi zaczęły się bowiem psuć. W 1615 roku nowym Ministrem Rytów został człowiek bardzo nieprzychylny ideom chrześcijańskim. Uważał nową religię za zagrożenie dla spokoju wewnętrznego cesarstwa i skutecznie przekonywał cesarza do swojej opinii.