wargowa, zębowa, welarna), zatem nie ma archifonemu łączącego fonemy i .
Kolejnym pojęciem postulowanym przez szkołę praską jest morfofonem, czyli jednostka bardziej złożona, składająca się z fonemów podlegających alternacji w danym morfemie, wraz z ich kontekstami. Przykładowo, w morfemie mrok ostatnim fonemem może być , lub .
Inną próbą rozwiązania tego problemu na gruncie strukturalizmu było przyjęcie przez Bernarda Blocha koncepcji częściowego nakładania się fonemów. Co prawda, co do zasady allofon może reprezentować tylko jeden fonem, ale pewnych przypadkach dopuszczalne jest częściowe nakładanie się fonemów, tj. jeden z allofonów danego fonemu może być identyczny z jednym z allofonów innego, jeżeli występują w odmiennych kontekstach.
Stosunkowo podobne do mentalnego podejścia szkoły praskiej reprezentował Edward Sapir. W jego ujęciu również dany fonem ma podłoże w psychice i może być realizowany różnie w zależności od kontekstu. Zatem angielskie jest zwykle realizowane jako spółgłoska dziąsłowa (spółgłoska zwarta dziąsłowa bezdźwięczna), ale zawsze jest wymawiane jako spółgłoska zębowa przed frykatywami zębowymi (np. w słowie ), jako zadziąsłowa przed zadziąsłowymi (np. w ) czy podniebienno-dziąsłowa przed podniebienno-dziąsłowymi (np. w zbitce ).