Powyższe ujęcie fonemu rodzi problemy interpretacyjne, gdy cecha dystynktywna między dwoma fonemami zanika w pewnym kontekście. Przykładowo, w słowie chleb fonem jest realizowany jako . Zasada „raz fonemem – zawsze fonemem”, mówiąca, że coś, co jest fonemem w jednym przypadku, musi być fonemem w innych, jest typowa dla strukturalizmu. Skoro nie ma wątpliwości, że w języku polskim fonemy i są odrębne, w tym przypadku w strukturalizmie przyjmowano, że w tym słowie w istocie występuje fonem . Aby uniknąć problemów wynikających z tego, że w słowie chleb fonem zapisywany przez literę „b” jest inny niż analogiczny fonem w słowie chlebek, gdzie występuje fonem , Trubieckoj wprowadził pojęcie archifonem. W podanym przykładzie zgodnie z tą definicją występuje archifonem P charakteryzowany tylko przez dwie cechy – spółgłoska zwarta i spółgłoska wargowa. Archifonem taki reprezentuje neutralizację cechy dźwięczności, która tworzy kontrast między fonemami i . Neutralizacja taka może zachodzić tylko wobec cech przybierających dwie wartości (np. dźwięczna – bezdźwięczna), natomiast nie wobec cech przybierających więcej wartości (np.