Po podpisaniu pokoju w Nystad i przesunięciu granicy rosyjskiej na wschód obiekt stracił dotychczasowe znaczenie obronne.
W latach 1815–1827 na terenie monasteru wzniesiono cerkiew św. Michała Archanioła, która miała upamiętnić odbicie Połocka z rąk Francuzów w czasie wojny francusko-rosyjskiej (1812) i odparcie agresorów z regionu Pskowa.
XX wiek W 1918 monaster został zniszczony przez bolszewikówКраткая летопись обители. Remont i rozbudowy jego obiektów były prowadzone w dwudziestoleciu międzywojennym, gdy Pieczory znalazły się na terytorium niepodległej Estonii (jako Petseri). Oznaczało to włączenie monasteru Pskowsko-Pieczerskiego w struktury autonomicznego Estońskiego Kościoła Prawosławnego, a następnie podległego patriarsze Konstantynopola Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego. Klasztor i miejscowi wierni (Rosjanie, Seto) negatywnie odnieśli się do wystąpienia z jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego. Przełożony monasteru, biskup pieczorski Jan, za swój sprzeciw w tej sprawie został zmuszony do opuszczenia wspólnotyЕпископ Иоанн (Булин). Od 1932 do 1940 w klasztorze działało seminarium duchowne.