Ocenę tę, uchodzącą wówczas za negatywną, pogłębił fakt odrzucenia w 1947 przez Zarząd Polonii propozycji przejęcia kurateli i finansowania klubu przez związany z PPR Związek Walki Młodych. W latach 1948–1956 za sprawą tajnych agentów, donosów i inwigilacji, na listę rzekomo wrogo usposobionych do ustroju komunistycznego w Polsce wpisano szereg działaczy klubu. Przykład Polonii był publicznie piętnowany jako elementu nieodpowiadającego klasowo nowej rzeczywistości. Polonia prowadziła wówczas trzy sekcje: piłki nożnej, tenisa ziemnego i motocyklową. W 1948 klub liczył około 300 członków. Pod względem sportowym wyróżniali się piłkarze (mistrz Pomorza z 1947) oraz tenisiści, dzięki wstąpieniu do klubu przedwojennej mistrzyni Polski Jadwigi Jędrzejowskiej.

Gwardia-Polonia W nieprzyjaznych warunkach politycznych próbowano ratować klub wchodząc w Zrzeszenie sportowe Spójnia. Jednak 12 lutego 1949 władze przystąpiły do reorganizacji sportu na wzór sowiecki, zmuszając działaczy do samorozwiązania klubu oraz przekazania majątku na rzecz MKS GwardiaW marcu 1945 powstały: Milicyjny Klub Sportowy przy Komendzie Wojewódzkiej MO, Wojskowy Klub Sportowy „Bezpieczeństwo” przy stacjonującej w Bydgoszczy jednostce Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego oraz Wojskowy Klub Sportowy „Burza”.