lekkoatletyka: Klemens Biniakowski zdobył mistrzostwo Polski w biegu na 400 m (1928) i uczestniczył w igrzyskach olimpijskich w Amsterdamie 1928, tyczkarz Stanisław Zakrzewski został halowym mistrzem Polski (1936) oraz członkiem kadry narodowej, a juniorzy Polonii Bydgoszcz w 1937 zostali drużynowym mistrzem Polski; boks: Józef Pietryga został wicemistrzem Polski (1927), a Edward Rinke mistrzem Pomorza (1936); kolarstwo: Feliks Więcek został zwycięzcą pierwszego Tour de Pologne.
W okresie okupacji klub zlikwidowano. Podczas represji hitlerowskich wobec ludności Bydgoszczy jesienią 1939 zamordowano m.in. prezesa Stanisława Wodę oraz działacza Alojzego Stryszyka.
31 marca 1945 przy Zarządzie Miejskim reaktywowano Bydgoski Klub Sportowy z dwoma sekcjami: wioślarską i tenisa ziemnegoKultura fizyczna w Bydgoszczy (1945-1956). [w:] Historia Bydgoszczy. Tom III. Część pierwsza 1945-1956. Praca zbiorowa. Bydgoskie Towarzystwo Naukowe Bydgoszcz 2015. , str. 493-522. 21 października 1945 przywrócono nazwę BKS Polonia, nawiązując w ten sposób do tradycji przedwojennej. Klub utrzymywał się z dotacji uzyskiwanych od prywatnych przedsiębiorców, co stanowiło podstawę do określania go przez ówczesne władze komunistyczne mianem klubu burżuazyjnego.