W 1946 kluby te zostały wchłonięte przez wielosekcyjny Wojskowo-Milicyjny Klub Sportowy „Partyzant” (sekcje: piłki nożnej, siatkówki, koszykówki, hokeja na lodzie, pływacka, żużlowa i lekkoatletyczna).. Część sportowców (głównie piłkarze i motocykliści) przeszła do Gwardii, inni zrezygnowali z uprawiania sportuhttps://web.archive.org/web/20170302195617/http://polskielogo.net/pl/polonia-bydgoszcz/ dostęp 23-02-2017. MKS Gwardia Bydgoszcz była klubem resortu Spraw Wewnętrznych, utworzonym na bazie KS Partyzant (klub Milicji Obywatelskiej), BKS Polonia i Harcerskiego Klubu Sportowego.
W latach 1949–1956 BKS Polonia oficjalnie nie istniała, lecz ciągłość historyczna została zachowana dzięki działalności Milicyjnego Klubu Sportowego Gwardia, w której uczestniczyła część kadry sportowej i administracyjnej Polonii. W 1950 w klubie uprawiano 17 dyscyplin sportowych. Wysoki poziom i długoletnią działalność osiągnęło jednakże 6 sekcji: lekkoatletyczna (przejęta z HKS Bydgoszcz), piłka nożna i żużel (przejęte z Polonii), hokeja na lodzie i tenisa (przejęte z KS Partyzant) oraz judo (zał. 1961). W latach 50. klub odniósł szereg sukcesów. W 1951 żużlowcy awansowali do ekstraklasy, oraz zdobyli tytuł mistrzowski (1955) i wicemistrzowski (1951, 1953). W 1953 piłkarze po raz pierwszy awansowali do ekstraklasy.