Produkcja i wydanie Prace nad Codename: Gordon rozpoczęły się w połowie 2003 roku. Z początku produkcja stanowiła fanowski projekt Paula "X-Tendera" Kamma, odpowiedzialnego za kodowanie oprogramowania oraz Sönke "Warbeasta" Seidela, który zajmował się oprawą graficzną. Ze względu na znajomość oprogramowania twórcy zdecydowali się stworzyć grę przy użyciu Macromedia Flash. Pierwotne założenie polegało na stworzeniu gry platformowej i powstało ono po zapoznaniu się z materiałami promocyjnymi nadchodzącego Half-Life 2. Wkrótce po zainicjowaniu projektu został on zauważony przez Tima Brunsa, współzałożyciela NuclearVision, który rozpoczął współpracę nad Codename: Gordon wraz z Kamma i Seidelem.
Oryginalnie gra miała być przeznaczona na mobilną konsolę Nintendo DS, lecz decyzja ta została zmieniona po rozmowach z Valve Corporation. Firma miała pozytywne odczucia odnośnie do gry i zdecydowała się zaoferować pomoc w jej tworzeniu, wyznaczając Douga Wooda do nadzorowania projektu w imieniu Valve. Gra została wydana 17 maja 2004 roku i była nieodpłatnie dystrybuowana poprzez system dystrybucji cyfrowej Valve Software jako tytuł promocyjny dla ówcześnie nadchodzącego Half-Life 2.