Z powodu odniesionych ran Barney nie jest w stanie kontynuować podróży, przekazuje więc Gordonowi pistolet i mówi, żeby szedł dalej bez niego.
W drugiej części gry postać spotyka Eli Vance'a oraz jego córkę, Alyx, którzy doradzają Gordonowi, aby ten dotarł do City 17 przy pomocy ich samochodu, gdyż według ich wiedzy tam najprawdopodobniej leży przyczyna problemu. Polecają mu także porozmawiać z doktorem Kleinerem o broni zwanej gravity gun. Wkrótce później gracz odnajduje doktora Kleinera, który dzieli się obawami związanymi z brakującym wymiarem oraz przekazuje Gordonowi broń wspomnianą przesz Eli i Alyx.
Po odparciu ataku wrogiego statku obcych i minięciu ściśle strzeżonego przez żołnierzy Kombinatu więzienia, Gordon dociera do City 17, gdzie spotyka G-Mana. Ten mówi graczowi, że spodziewał się jego przybycia i zapewnia go, że to nie on stoi za zniknięciem trzeciego wymiaru. Zamiast tego stwierdza, że jest jedynie „skromnym pionkiem w grze złowrogich sił”. Wkrótce później następuje konfrontacja ze striderem – ogromną trzynogą jednostką bojową – który okazuje się być źródłem problemu. Po pokonaniu przeciwnika otwiera się portal, z chwilą wejścia do niego Freeman zostaje przeniesiony z powrotem do trzeciego wymiaru.