W przeciwieństwie do oryginalnej serii Codename: Gordon umożliwia interaktywne uczestnictwo w dialogach poprzez używanie emotikon takich jak :] czy :–), które przyporządkowane są do określonego typu odpowiedzi.
Po ukończeniu gry odblokowany zostaje bonus Crow Chase, w którym grający ma za zadanie zdobyć możliwie jak największą ilość punktów w określonym limicie czasowym goniąc kruki, jednocześnie starając się utrzymać je w powietrzu przez jak najdłuższy czas.
Fabuła Codename: Gordon prezentuje alternatywną fabułę Half-Life 2 przy wykorzystaniu lokacji inspirowanych zarówno pierwszą, jak i drugą częścią gry. W rozgrywce Gordon Freeman – protagonista serii gier – spotyka niektórych głównych bohaterów z Half-Life próbując dowiedzieć się co spowodowało zniknięcie trzeciego wymiaru.
Gra rozpoczyna się na obszarze doków portowych. Po pokonaniu kilku przeciwników w postaci zombie i headcrabów gracz natrafia na Barneya Calhouna, znaczącą postać w późniejszych tytułach z serii Half-Life. Mówi on Gordonowi o zniknięciu całego wymiaru oraz informuje go, że nad rozwiązaniem tego problemu pracuje już grupa naukowców.