Został przewieziony do Manili, gdzie pierwszego kwietnia w Pałacu Malacanang podpisał akt kapitulacji i uznał zwierzchnictwo Stanów Zjednoczonych. Pierwsza Republika Filipin praktycznie przestała istnieć. Kapitulacji nie uznało dwóch ważniejszych dowódców; generałowie Miguel Malvar i Vicente Lukban. Ich oddziały zostały rozbite w 1902 r. Czwartego lipca tego roku, w rocznicę uzyskania niepodległości przez USA, prezydent Theodore Roosevelt oficjalnie ogłosił koniec wojny na Filipinach. Pomimo tej deklaracji, walki trwały dalej w niektórych częściach archipelagu. Najdłużej utrzymywał się bunt muzułmanów z wyspy Mindanao zwanych Moro. Zostali pokonani dopiero w 1913 r. przez Johna Pershinga, który został po tym mianowany na stopień generała brygady.
Okrucieństwa wojny partyzanckiej thumb|Karykatura z 22 maja 1902 roku z okładki magazynu Life pokazuje Amerykanina, który torturuje Filipińczyka przy pomocy wodnej kuracji, podczas gdy Europejczyk to obserwuje. Podpis głosi: „Chór w tle: 'Ci bogobojni Jankesi nie mogą w nas rzucać kamieniami nigdy więcej. Filipińscy żołnierze często próbowali zamorzyć głodem amerykańskich jeńców, maltretowali ich, a nierzadko zdarzało się też, że kastrowali i wkładali im genitalia do ust. Powszechne u Filipińczyków było także dobijanie rannych Amerykanów.