Wojna partyzancka thumb|upright|Emilio Aguinaldo Pod koniec 1899 r. Aguinaldo doszedł do wniosku, że należy zmienić strategię na walkę partyzancką. Chodziło w niej o unikanie większych starć z lepiej uzbrojonym przeciwnikiem oraz przeprowadzanie działań mających na celu nękanie małymi oddziałami wojsk amerykańskich. Do takiej decyzji skłoniły Aguinaldo coraz większe klęski, zdobycie Bayambang, a także odmowa generała Otisa na wystosowaną przez Filipińczyków pokojową ofertę pod koniec 1899 r.
Aguinaldo próbował odwlec walkę z Amerykanami do listopada 1900 r., czyli do wyborów prezydenckich w Stanach Zjednoczonych. Miał on nadzieję, że wygra je kandydat demokratów, William Bryan, który był przeciwnikiem aneksji Filipin. W listopadzie 1899 r. Aguinaldo przeorganizował swoją armię na mniejsze jednostki i przeniósł na prowincję. On sam, jako jedyny dowodził większą grupą, składającą się z 1200 ludzi. 24 stycznia 1900 r. rozegrała się bitwa o Legazpi. Desant amerykański zdobył miasto bronione przez 800 Filipińczyków. Miesiąc później korpus generała Williama Augusta Kobbe opanował wyspy: Catanduanes, Samar i Leyte. Pod koniec 1899 r. został schwytany były premier Filipin, Apolinario Mabini. Emilio Aguinaldo został ostatecznie pojmany 22 marca 1901 r. Zaskoczył go desant z amerykańskiej kanonierki.