Po czerwcowej ofensywie działania zostały ponownie wstrzymane do października z powodu kolejnej pory deszczowej i pojawienia się chorób tropikalnych wśród amerykańskich żołnierzy. Jesienią rozpoczął się pościg za Aguinaldo. Pod koniec roku desanty Amerykanów zajmowały strategiczne cele, a Aguinaldo, który właściwie nie posiadał floty, nie był w stanie skutecznie przeciwstawić się nieprzyjacielowi, co ostatecznie zmusiło go do zmiany taktyki na partyzancką.
Komisja Schurmana Na początku 1899 r. McKinley powołał na Filipinach komisję, której przewodniczącym został Jacob Gould Schurman. W jej skład wchodzili również Dean Worcester oraz Charles Harvey Denby. Wszyscy trzej pojawili się w Manili czwartego marca 1899 r. Komisja Schurmana ogłosiła, że Stany Zjednoczone zagwarantują mieszkańcom Filipin między innymi ograniczoną autonomię, sprawiedliwe sądownictwo, uczciwą administrację, powszechną edukację i projekty ekonomicznego rozwoju. Na obwieszczenie Komisji odpowiedział premier Republiki Filipińskiej Apolinario Mabini. Stwierdził on, że Amerykanie obiecują polityczne swobody, ale ich nienawiść wobec innych ras skróci uprawnienia dla miejscowych, dlatego jedynym rozwiązaniem jest kontynuowanie walki.