W trakcie oblężenia strona filipińska wysłała dwóch posłów do dowódcy wojsk amerykańskich, generała Elwella Otisa. Proponowali oni zawieszenie broni i utworzenie neutralnego pasa terenu pomiędzy obydwiema armiami. Ich działania miały na celu przygotowanie do rozpoczęcia pokojowych negocjacji. Otis nie zgodził się na proponowane warunki.
Szóstego lutego bitwa ostatecznie dobiegła końca. Filipińczycy ponieśli klęskę, tracąc półtora tysiąca żołnierzy. Straty amerykańskie wyniosły 59 zabitych i 278 rannych. Po zwycięstwie pod Manilą, generał Otis przeszedł do działań zaczepnych. Rozkazał generałowi Marcusowi Millerowi zajęcie wysp Cebu i Negros. Po niedługim czasie Amerykanie kontrolowali większość archipelagu Sulu, ale najważniejsze znaczenie miała nadal okupowana w większości przez Filipińczyków wyspa Luzon. Właśnie tam Otis skoncentrował swoją uwagę, organizując dwie dywizje. Jedną miał dowodzić generał Thomas Anderson, a drugą Arthur McArthur. Anderson dostał rozkaz przeprowadzenia ofensywy na południe od Manili, a McArthur na północ. McArthur prowadził swoją dywizję wzdłuż linii kolejowej w kierunku ówczesnej stolicy Malolos, która została opanowana pod koniec marca 1899 r., co zmusiło Aguinaldo do przeniesienia stolicy do San Fernando w prowincji Pampanga.