Tych jednak, którym ufać nie mógł, bezwzględnie usunął, a ich majątki zasiliły pusty skarbiec państwa.
Na początku swego panowania postanowił Kajtbaj usunąć palący problem arabskich Beduinów, którzy kontrolowali znaczne obszary kraju łupiąc karawany i napadając miasta. Wykorzystując walki w łonie kasty mameluków i osłabienie władzy Beduini usadowili się mocno zarówno w Górnym Egipcie jak i w Delcie Nilu zapuszczając się często ze swymi atakami aż po przedmieścia Kairu. Zadanie podporządkowania Beduinów powierzył swemu przyjacielowi, okrutnemu i bezwzględnemu dowódcy, Jaszbegowi. Spacyfikował on plemiona beduińskie dokonując krwawych rajdów na ich ziemie i karząc okrutnie opornych przywódców. Gdy podobnej taktyki chciał użyć w Syrii doprowadziło to do otwartego buntu i powołanie na tron niedawnego sułtana Timurbugha. Bunt został jednak zdławiony, a pokonany pretendent pojmany i zesłany w odosobnione miejsce. W końcu Beduini zostali pokonani, choć problem beduiński pozostał nierozwiązany przez kolejne stulecia.