W głosowaniu Kolegium Elektorskiego zwyciężył Adams, uzyskując 71 głosów (potrzeba było 70), a drugie miejsce zajął Jefferson (obejmując urząd wiceprezydenta).
Już na samym początku zaczęły się ujawniać antagonizmy pomiędzy oboma politykami. Kiedy antagonizmy francusko-amerykańskie przybrały na sile, prezydent uczynił afront wiceprezydentowi, wyłączając go z obrad gabinetu przy sprawach wagi państwowej. Pod koniec kadencji Jefferson i Adams praktycznie wcale ze sobą nie rozmawiali. Sytuacja we własnej partii prezydenta nie była lepsza – lider Federalistów Alexander Hamilton, nie będąc przekonanym o lojalności Adamsa, niechętnie szedł z nim na kompromis, co poskutkowało chłodną reakcją Adamsa i konfliktem między nim a Hamiltonem. Według historyków, spór ten zapoczątkował i walnie przyczynił się do rozpadu stronnictwa federalistycznego.