Głównym problemem gabinetu Adamsa było zagrożenie wojną pomiędzy Francją a USA. Prezydent nie sympatyzował z Francją, ale wbrew swojemu stronnictwu, nie był także zwolennikiem Anglii. Adams podjął dwie próby poprawy stosunków dyplomatycznych: najpierw wysłał z misją dyplomatyczną Charlesa Pinckneya (który nie został przyjęty), a następnie powołał trzyosobową komisję negocjacyjną, w skład której weszli Pinckney, John Marshall i Elbridge Gerry. Zostali oni zatrzymani przez Francuzów, natomiast wkrótce potem do USA przybyli trzej mężczyźni, podający się za wysłanników francuskiego ministra spraw zagranicznych Charles’a de Talleyranda. Zażądali oni od rządu amerykańskiego łapówki w wysokości 1,2 miliona liwrów oraz 32 milionów florenów pożyczki na cele militarne. Po odmowie Amerykanów, prezydent zaniechał dalszych rozmów z Francją, a cała sytuacja została nagłośniona przez Federalistów w 1798 roku i nazwana „aferą XYZ”. W obliczu takich działań, w połowie 1798 roku, Kongres podjął uchwały o zawieszeniu stosunków handlowych z Francją i anulowaniu traktatów amerykańsko-francuskich z 1778 roku. Z czasem, wobec bardziej pojednawczej postawy ministra Talleyranda, który nie chciał otwartej wojny ze Stanami Zjednoczonymi, Adams w dorocznym przemówieniu przez Kongresem (z 1798 roku), zaznaczył, że nie zamyka możliwości rozmów z Francją.