Jego rola ograniczała się w zasadzie jedynie do przewodniczenia Senatowi.
W wyborach prezydenckich w 1792 roku ponownie startował na wiceprezydenta (gdyż w następnych wyborach chciał się ubiegać o prezydenturę) i został wybrany. W drugiej kadencji jego rola była jeszcze bardziej marginalna. Charakterystyczną cechą etykiety Adamsa, jako wiceprezydenta, było przywiązywanie uwagi do drobiazgów i ceremoniału, co było przez ówczesnych uważane za nadmierny formalizm.
Prezydentura Gabinet Johna Adamsa (1797-1801)Urząd Nazwisko KadencjaPrezydent John Adams 1797-1801Wiceprezydent Thomas Jefferson 1797-1801Sekretarz stanu Timothy Pickering 1797-1800 John Marshall 1800-1801Sekretarz skarbu Oliver Wolcott Jr. 1797-1801 Samuel Dexter 1801-1801Sekretarz wojny James McHenry 1797-1800 Samuel Dexter 1800-1801Prokurator generalny Charles Lee 1797-1801Poczmistrz generalny Joseph Habersham 1797-1801Sekretarz Marynarki Wojennej Benjamin Stoddert 1798-1801 Podczas wyborów prezydenckich w 1796 roku, znacznie większe znaczenie miały partie polityczne, niż w poprzednich głosowaniach. Kandydatami Federalistów byli John Adams i Thomas Pinckney, natomiast Demokratyczni Republikanie wystawili Thomasa Jeffersona i Aarona Burra.