Po tym zdarzeniu starszy z braci miał biec w kierunku strzelających policjantów, a młodszy w tym czasie wsiadł do samochodu i przebił się przez blokadę policyjną. Jedni świadkowie wskazują, że zginął w wyniku strzelaniny, inny – że przejechał po nim samochód kierowany przez funkcjonariusza policji, oficjalna wersja mówi, iż za kierownicą samochodu, który miał zmiażdżyć ciało Tamerlana siedział sam Dżochar. Lekarze, którzy przyjęli na oddział ciężko rannego Tamerlana (zmarł w szpitalu w Bostonie) powiedzieli, że nie zobaczyli jakichkolwiek obrażeń, które świadczyłyby o tym, że został przejechany przez samochód. Autopsja jednak wykazała, że prócz ran postrzałowych Tamerlan posiadał tępy uraz głowy i tułowia.
Kilkanaście godzin po ujęciu ciężko rannego Tamerlana – 19 kwietnia około godziny 20:45 policjanci zatrzymali 19-letniego Dżochara, który ukrywał się na łodzi zacumowanej na tyłach jednorodzinnego domu. Jej właściciel, po zauważeniu śladów krwi, o godzinie 17:45 zadzwonił pod numer 911 i poinformował policję o swoich podejrzeniach. W czasie akcji ujęcia 19-latek odniósł wiele ran postrzałowych. 25 kwietnia agencja Associated Press podała, wbrew wcześniej rozpowszechnianym informacjom, że przy Carnajewie nie znaleziono żadnej broni.