Łódź na której się ukrył została podziurawiona jak sito – w kierunku nastolatka policjanci oddali kilkadziesiąt strzałów. Komisarz bostońskiej policji Ed Davis podczas konferencji zorganizowanej po jego ujęciu wskazywał, iż podejrzany nie reagował na wezwanie do poddania się. Istnieje jednak duże prawdopodobieństwo, że był już wówczas tak poważnie ranny, że nie był w stanie odpowiedzieć na apele policjantów. Rany odniósł podczas pierwszego starcia z policją, w którym uczestniczył wspólnie z bratem. Właściciel łodzi mówił, że Dżochar leżał w kałuży krwi, a wartym nadmienienia jest fakt, że jego zeznania dotyczyły okoliczności jakie miały miejsce ponad 2 godziny przed akcją policji.
Po wyciągnięciu z łodzi dziewiętnastolatka przewieziono do szpitala. Miał rany postrzałowe głowy, szyi, nóg i ręki. Jego stan określono jako ciężki. W związku z tym, iż stan zdrowia Dżochara Carnajewa nie pozwolił na przewiezienie go do sądu, został umieszczony w bostońskim szpitalu Beth Israel Deaconess Medical Center, gdzie 22 kwietnia przedstawiono mu zarzuty użycia broni masowego rażenia oraz zmowy przestępczej z użyciem broni masowego rażenia skutkujących śmiercią oraz rozmyślnego zniszczenia mienia ze skutkiem śmiertelnym. Na pytania śledczych odpowiadał pisemnie lub kiwając głową.