W 1898 przeniósł się do małego miasta Maulbronn, gdzie wykładał w tamtejszym seminarium teologicznym. W roku 1912 został dyrektorem seminarium. Wkrótce potem trafił do szpitala w Stuttgarcie, gdzie zmarł 9 marca 1913 roku. Pochowany został na parafialnym cmentarzu w Maulbronn. Jedynym napisem na jego grobie jest słowo „Pax”. Na pogrzeb przybył z Anglii jego wieloletni przyjaciel i orientalista Rendel Harris.
Nestle nigdy nie został zatrudniony na wyższej uczelni na pełny etat. Przez całe swoje życie miał trudności finansowe i niewiele podróżował, a najważniejszym wyjazdem zagranicznym był dwuletni pobyt w Anglii. Jakkolwiek marzył o podróżach (do Ziemi Świętej), nie mógł ich zrealizować ze względu na ograniczenia finansowe oraz kłopoty zdrowotne.
Religijność Nestlego Zarówno w Berlinie, jak i w Londynie miał okazję słuchać amerykańskiego ewangelistę Roberta Pearsalla Smitha (jeden z założycieli ruchu uświęceniowego). W Berlinie nie oceniał go zbyt entuzjastycznie, jednak w Anglii był pod tak silnym wrażeniem, że z tego powodu zamierzał przerwać swoje studia orientalistyczne. Jego ojciec prosił go w liście, by tego nie czynił, ponieważ studia orientalistyczne nie mają charakteru antychrystowego (list z 12 czerwca 1875). Ostatecznie Eberhard posłuchał rady ojca.