W 1874 roku obronił doktorat na temat różnic pomiędzy hebrajskim a greckim tekstem Księgi Ezechiela. Po ukończeniu studiów w roku 1874 przez krótki okres pracował jako wikary w Ravensburgu, następnie jako zastępca seminaryjnego bibliotekarza w Tybindze. Później kontynuował studia orientalistyczne w Lipsku i Berlinie, po czym przez dwa lata (1875–1877) służył jako zastępca niemieckiego pastora w Londynie.
Podczas swego pobytu w Londynie Eberhard Nestle uczył się syryjskiej paleografii w British Museum. W rezultacie w roku 1881 opublikował gramatykę syryjską.
Latem 1877 roku został tutorem na Uniwersytecie w Tybindze, gdzie nauczał języków semickich. W 1880 roku przyjął propozycję pracy jako diakon w parafii w Münsingen. Ożenił się z Klarą Kommerell, córką profesora matematyki. Nestle bardzo poważnie traktował swoje obowiązki pastora, ale pomimo tego nie zaniedbał swej kariery naukowej. Żonę Klarę nauczył greckiego, aby mu pomagała przy kolacjonowaniu rękopisów greckich. W 1883 małżonkom urodził się syn Erwin. W roku 1887 Klara Nestle zmarła na raka, a 3 lata później Eberhard ożenił się powtórnie z córką pastora Elisabeth Aichele (1867–1944), z którą miał pięć córek i jednego syna.