Jego syn Erwin odnotował, że pobożność Eberharda bardziej niż na dogmatach zasadzała się na religii serca. H. Holzinger odnotował, że Nestle dystansował się od kwestii systematyczno-teologicznych. Według Holzingera w życiu Nestlego wszystko było skoncentrowane na Ewangelii.

Działalność naukowa i publicystyczna Nestle jest autorem licznych publikacji. Według jego syna, Erwina, w jednym tylko roku 1905 opublikował 225 prac, a pomiędzy 1908 a 1912 rokiem napisał nie mniej niż 743 artykułów. Znaczna część owych publikacji to krótkie noty.

W 1898 roku wydał anonimowo Novum Testamentum Graece. Wydanie Nestlego wyeliminowało skrajności poprzednich wydań. Wydanie Tischendorfa (Editio Octava Critica Maior) nadmiernie faworyzowało Kodeks Synajski, natomiast wydanie Westcotta i Horta (The New Testament in the Original Greek) faworyzowało Kodeks Watykański.

Publikacja Nestlego otrzymała bardzo pozytywną recenzję w „Expository Times”, gdzie chwalono jej wyższość nad Textus receptus. Wydanie Nestlego zostało przyjęte przez Brytyjskie i Zagraniczne Towarzystwo Biblijne, zastępując inne wydania greckiego Nowego Testamentu i stało się nowym textus receptus. Następne wydania nie były już anonimowe.