Okres instytutu naukowego W 1960 nastąpiły kolejne zmiany. Nadano nową nazwę Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii oraz patrona generała Karola Kaczkowskiego. W tym samym 1960 roku do Instytutu włączono Ośrodek Ochrony Radiologicznej i Radiobiologii zlokalizowany w II CSK WAM przy ul. Szaserów. W 1963 do Instytutu włączono Laboratorium Sanitarno-Higieniczne Wojsko Lotniczych w Krakowie (przeniesione do Warszawy w 1982r.). W tym samym roku utworzono Radę Naukową WIHE, a rok później nadano jej prawo do nadania stopnia naukowego doktora nauk medycznych, farmacji i nauk przyrodniczych, w roku 1972 także doktora habilitowanego. W kolejnych latach Instytut rozwijał się tych trzech lokalizacjach. W latach 1974–1979 przy ul. Kozielskiej wybudowano nowy budynek administracyjno-laboratoryjny. W 1990 do Instytutu włączono Ośrodek Naukowo-Badaczy Służby Weterynaryjnej w Puławach, który zmienił nazwę na Ośrodek Badań Weterynaryjnych WIHE. Ważnym wydarzeniem było w roku 1997 włączenie Instytutu w struktury Wojskowej Akademii Medycznej w Łodzi.